Толерантность в аспекте межличностных отношений - вещь, как правило, необходимая и вполне разумная. Она позволяет строить отношения, это, своего рода, форма дипломатии.

Представляет ли толерантность проблему для свободомыслия?
Cама толерантность как форма межличностных отношений - нет. Однако, есть у неё один серьёзная фича, которая порождает серьёзный логический баг.

Нам насаждают такие утверждения, как "у каждого есть своё мнение, каждый делает так, как ему нравится, живёт так, как ему нравится, и чужие точки зрения необходимо уважать".

Здесь есть два уровня - один разумный - т.е., не бить морду, не оскорблять, не дискриминировать, если это не затрагивает отношений непосредственно (например, мне совершенно безразлично, во что верит продавец, и я сделаю вид, что не заметил у него на шее гимнаста).

И второй уровень - скрытый, психологический.
Искренне уважая право другого на свободу веры, мнения, образа жизни, мы начинаем принимать эти черты во внимание, придаём им долю истинности, впускаем в свою базу данных как один из вариантов.

Например, возьмём христианина. Человека, который верит в абсолютно бредовую сказку, написанную тысячи лет назад, про волшебное дерево, говорящую змею, живых мертвецов и какого-то Бога, который что-то от всех хочет.

Для здравомыслящего человека это полнейший бред. Но объект-носитель бреда в это верит и живёт по этой сказке. Предполагается, что мы должны к этому причудливо больному относиться толерантно. На первом уровне - вполне, ну не устраивать же всеобщую резню по разным признакам... То есть, достаточно этого бредоносца не бить и не убивать за его бред и не обращать на его бред внимание, если имеешь с ним дело по другим вопросам.

Если мыслить столь цинично, как я, и соблюдать первый уровень толерантности, то проблем с мышлением у вас возникнуть не должно.

Но стоит убрать цинизм... и тут же в вашу голову попадает осколок этого бреда.

Цепочка:
- я уважаю право христианина думать так;
- следовательно, я не смогу назвать его "бредоносцем, умственно отсталым, больным на голову" и т.д., т.к. это будет словесное проявление неуважения и, по сути, оскорбление его и его права верить в то, что он хочет. Даже если это будет не высказано ему;
- следовательно, раз я уже не считаю его "бредоносцем" и "больным на голову", то то, что он говорит, имеет какой-то смысл;
- следовательно, его тупая сказка, в которую он тупо верит, становится для меня частью реальности, и я рассматриваю его сказочного Бога как один из возможных элементов реальности;
- итог: моё покоцанное мировосприятие.

Если ты уравниваешь его бред в правах со своим мышлением... Менее бредовым его верования не станут, а вот твоё мышление, твоя картина мира опустится на его уровень. То есть, ты САМ, ДОБРОВОЛЬНО признаешь, что ты такой же больной на голову.

Религия - это просто самый яркий пример. Люди полны бреда. Убивать или бить их за этот бред - не хватит ни сил, ни патронов, да и вообще пофигу на них, поэтому для этого существует толерантность :) Это бесплатно и не требует усилий. Но...

Как только ты ДЕЙСТВИТЕЛЬНО, а не декларативно-тактично начнёшь уважать чужое бредовое мнение, твой мозг пойдёт наперекосяк, и, анализируя мир, придётся анализировать многочисленные бредни разных людей, поскольку, в силу искажённого понимания толерантности, ты не сможешь объявить их мнение, их жизнь "бреднями", и вынуждаешь себя это принимать во внимание.

Возможно так и есть. Только одно понимание этого не приведет к осознанному сопротивлению чьего-нибудь бреда. Толерантность уже стала одной из передовых проблем мира.