Если рассматривать инквизицию и прочие методы удержания власти с точки зрения для держателей власти, и, вдобавок, как ширму, пользовательский интерфейс, отгораживающий реальные политические "системные процессы", то все было довольно эффективно.

С другой стороны, если в ядре системы отношение к ученым было таким же, как и на публике, то это ослабляло власть, лишало ее прогрессивных технологий. Это крайне неэффективно.

И, наконец, инквизиция - это несмываемое клеймо, сидящее на христианах в головах обывательской публики. Такой тонкий намек на то, что церкви нельзя давать слишком много власти. И нельзя слишком доверять - она торгует бухлом, сигаретами, занимается педофилией и прочими непотребствами с точки зрения "общественной морали".

Может, брэнд "христианство" по уму и не имеет отношения ко всем этим вывертам, но настойчивая ассоциация его с инквизицией, торгашеством, продажей индульгенций и педофилией, позволит донести до простого обывателя отвращение к нему с другой стороны.

Мыслящие не приемлют христианство совсем по другим причинам: духовное рабство, покорность, ограничение свободы, догматы, но этих причин не приемлет толпа.