Пользуюсь Total Commander, но через FAR та же фигня была.
Ну это не совет насчёт Linux, у меня ж с клиентом, а не с сервером проблемы.

Linux на рабочем компе попробуй, через livecd или на виртуалку поставь. Проблемы скорее всего с совместимостью клиента и сервера, а не только с клиентом. А вполне возможно что на сервере возникает ошибка I/O и файлы тупо не читаются фтп-сервером. Кстати, какой сервер и какая ось используется?

LovinGOD: это всё становится слишком дорогим для решения. Раз ни у кого не возникло аналогичных проблем и они не были решены быстро, то и хрен с ним. Серверы разные, клиенты разные, vpn подключения разные, и прямые подключения тоже...