Режим загрузки ASCII или BINARY? Какой FTP сервер используется? Попробуй Linux, вместо винды.

LovinGOD: не знаю насчёт режима, но, поскольку это php файлы, возможно, ASCII. Дело в том, что проблема имеет эпизодический характер, иногда файлы проходят с третьего раза, например.
Аналогично, ошибка может иметь место при работе через VPN или напрямую. В данном примере я поймал только один вариант. А вообще, FTP шалит периодически и внезапно.
В следующий раз попробую режим поменять на binary, если он ascii, но, помнится, я это уже делал.

Спрашивал, потому что ожидаю, что это какая-то проблема, которая уже решена и возникает у других. Если что, то ALG на роутере разрешено. На VPN не знаю, но ведь в целом FTP работает.

Вот, проверил один из проблемных серверов - binary для скачивания логов, тоже иногда виснет.

Пользуюсь Total Commander, но через FAR та же фигня была.
Ну это не совет насчёт Linux, у меня ж с клиентом, а не с сервером проблемы.