Проблема не в том, что отсутствует религиозная система с раем на Альфа-Центавре, межпланетными перелётами и отважными исследователями. Да, фантастики на эту тему более чем достаточно.

Проблема в том, что существует массовый спрос на религии удовлетворения слабостей и страхов. Ни одна наука и ни одна концепция научной фантастики не предполагает удовлетворение такого спроса. Конечно, можно что-то такое сконструировать; научный подход к себе укрепляет человека, но ни одна наука не возьмёт на себя "грех" врать о том, что будет после смерти.

Насчёт науки и религии в средние века... по-моему, без христианства цивилизация продвинулась бы гораздо дальше. А насчёт безопасности немощных в физическом смысле учёных - для этого существуют солдаты, которые будут охранять лабораторию... Ну и, так называемого светского гуманизма вполне достаточно.

Свободомыслие - это не постоянный "цикл в себе", отвлекающий от всего остального. Достаточно лишь время от времени анализировать свои действия; в целом же, Свободомыслящий просто чаще других (если другие вообще это делают) реконструирует свои шаблоны поведения.